The "Réseau de Mesures de la Qualité des Sols" (RMQS = French Soil Quality Monitoring Network directed by INFOSOL unit of INRA Orléans - Gissol) consist on a systematic grid (16 x 16km) covering the whole French territory ; a total of 2 200 samples of soil with different environmental conditions (pedo-climatic characteristics, land-use,…). This network provides a good descriptor and predictor of soil quality degradation and diffuse contaminations. The aim of the ECOMIC-RMQS project is the inventory and the study of the bacterial diversity, at the scale of the French territory, in the soils of the RMQS. Molecular tools are applied on the DNA extracted directly from the soil. DNA yield is quantify and genetic structure of bacteria is approach by ARISA (fingerprinting technique). Statistical and mathematical tools are developed to evaluate and determine the relationship between the microbial diversity and the pedologic parameters, the land-use, the agricultural practices, the climatic conditions, the floristic diversity,… Geopositioning of the samples and geostatistics tools are used to map the microbial diversity in French soils and to define geographic patterns. Our first results show the influence of soils parameters on microbial density and geographic patterns of bacterial genetic structure. Le Réseau de Mesure de la Qualité des Sols (RMQS = réseau de surveillance français de la qualité des sols dirigé par l’unité Infosol de l’INRA d’Orléans – GISSOL) est constitué d’une grille d’échantillonnage systématique (16 x 16 km) couvrant l’ensemble du territoire français ; soit un total de 2200 échantillons de sols prélevés sous différentes conditions environnementales (caractéristiques prédo-climatiques, mode d’occupation des sols,…). Ce réseau constitue un bon outil de description et de prédiction de la dégradation de la qualité des sols et des gradients de contamination. Le but du programme ECOMIC-RMQS est de faire l’inventaire et d’étudier la diversité bactérienne, à l’échelle du territoire français, dans les sols du RMQS. Des outils d’écologie microbienne moléculaire sont appliqués à partir de l’ADN extrait directement sur les sols. Le rendement d’extraction de l’ADN est quantifié et la structure génétique des communautés bactériennes est approchée par la méthode ARISA (= empreinte moléculaire). En parallèle, des outils statistiques et mathématiques sont développés afin d’évaluer et de déterminer les relations entre la diversité microbienne et les paramètres pédologiques, le mode d’occupation des terres, les pratiques agricoles, le climat, la diversité végétale,… Le positionnement géographique des points de prélèvements couplé à l’utilisation des techniques de géostatistiques permettent également de dresser des cartes de répartition des paramètres étudiés et d’aborder les profils de distribution géographiques. L’analyse des premiers résultats montrent l’influence des caractéristiques de sol sur la densité microbienne ainsi qu’une structuration dans l’espace de la structure génétique des communautés bactériennes.